Desa Parangtritis merupakan zona selatan Jawa yang berupa dataran fluviomarin yang di sebelah timurnya berbatasan dengan escarpment (Pannekoek, 1949). Secara lebih rinci, satuan fisiografi di sekitar Desa Parangtritis adalah sebagai berikut (Santosa dan Adji, 2014):

  1. Wilayah bagian tengah merupakan dataran rendah yang dipengaruhi pembentukan Graben Bantul dan terendapi oleh material vulkanik Gunungapi Merapi. Wilayah ini berpotensi sebagai lahan pertanian.
  2. Wilayah bagian timur merupakan jalur perbukitan berlereng terjal dengan ketinggian mencapai 300 mdpl serta berlereng curam hingga 40ᵒ. Wilayah ini terbentuk oleh Formasi Semilir (Tmse), Formasi Nglanggran (Tmn), dan Formasi Wonosari (Tmwl). Di beberapa tempat lahannya kritis dan kurang sesuai untuk pertanian. Luas satuan fisiografi ini adalah 20,605 km2.
  3. Wilayah bagian selatan merupakan gumuk-gumuk pasir yang tersusun oleh material lepas-lepas berupa pasir hingga kerikil yang terintegrasi dengan wilayah gisik dan beting gisik sehingga membentuk wilayah kepesisiran.

Desa Parangtritis merupakan wilayah kepesisiran. Sheppard (1963; Davidson-Arnoot, 2010; Sutari et al., 2015) mengelompokkan pesisir ke dalam dua klasifikasi yaitu pesisir primer dan pesisir sekunder. Pesisir primer adalah pesisir yang terbentuk dari proses yang berasal darat (berasosiasi dengan pergerakan lempeng). Pesisir sekunder adalah pesisir yang terbentuk oleh proses marin. Wilayah kepesisiran Bantul secara umum dan wilayah kepesisiran di Desa Parangtritis secara khusus memiliki tipologi primer berupa subaerial deposition coast dan pesisir sekunder berupa marine deposition coast. Subaerial deposition coast adalah pesisir yang terbentuk dari akumulasi sedimen baik sedimen sungai, angin, glasial, maupun longsoran lahan yang mengarah ke laut. Marine deposition coast adalah pesisir yang terbentuk oleh deposisi material sedimen marin.