Desa Parangtritis berada di wilayah kepesisiran sehingga kondisi iklim dan cuaca setempat sangat dipengaruhi oleh sirkulasi lautan, daratan, dan atmosfer. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Putri (2008), klasifikasi iklim Schmidt-Ferguson di Desa Parangtritis adalah iklim D (sedang). Nilai Q atau persentase perbandingan bulan basah dan bulan kering berkisar 60-100%. Data meteorologi yang digunakan adalah data curah hujan selama 30 tahun (1973-2002) dari Stasiun Pundong.

Secara umum, Desa Parangtritis memiliki tipe iklim muson yaitu iklim yang memiliki satu puncak dan satu palung. Kondisi tipe iklim muson dapat diketahui dengan memaparkan rerata curah hujan bulanan Bulan Januari-Desember (untuk melihat palung) dan Juli-Juni (untuk melihat puncak) seperti pada Gambar 2. Satu puncak merupakan satu periode bulan basah, yaitu pada Bulan November hingga Maret (NDJFM) yang dipengaruhi muson barat laut yang basah. Satu palung merupakan satu periode bulan kering, yaitu Bulan Mei hingga September (MJJAS) yang dipengaruhi muson tenggara yang kering. Saat Bulan Juni hingga November, pola hujan di Desa Parangtritis sangat dipengaruhi oleh fenomena El Nino Southern Oscillation (ENSO) yang menyebabkan terjadinya musim kemarau (Aldrian dan Susanto, 2003).

Rerata curah hujan tahunan di Desa Parangtritis adalah 1000-2000 mm/tahun (Dinas PUP-ESDM Pemda DIY, 2014). Data yang digunakan adalah data curah hujan dari tiga stasiun hujan di sekitar Desa Parangtritis yaitu Stasiun Hujan Siluk (1982-2011), Stasiun Hujan Sanden (1986-2011), dan Stasiun Hujan Pundong (1981-2011). Data curah hujan diperoleh dari DPUP DIY.

Gambar 2. Rerata Curah Hujan Bulanan Stasiun Piring Taun 1981-2011 mencerminkan lembah (atas) dan puncak (bawah)

Rerata suhu bulanan di sekitar Desa Parangtritis adalah 26-27ᵒC (Malawani, 2014). Perhitungan  dilakukan  berdasarkan  data suhu bulanan dari Stasiun Adisucipto  dari tahun 1993-2007. Nilai rerata suhu bulanan diperoleh dari rumus Mock yang mengkonversi suhu dari ketinggian tertentu untuk interpolasi suhu di daerah lain dengan ketinggian yang berbeda. Stasiun Adisucipto berada pada elevasi 122 m dpl, sedangkan pesisir Parangtritis memiliki elevasi sekitar 6,25 m dpl. Hasil perhitungan menunjukkan suhu bulanan terendah terjadi pada Bulan Maret yaitu 25,87ᵒC dan suhu bulanan tertinggi terjadi pada Bulan Oktober yaitu 28,04ᵒC.

Kondisi iklim dan cuaca di Desa Parangtritis dipengaruhi oleh angin. Angin juga berperan dalam pembentukan gumuk pasir. Berdasarkan hasil pengukuran angin di Kawasan Gumuk Pasir oleh Dinas PUP-ESDM Pemda DIY (2014), rerata kecepatan angin pada siang hari adalah 5,3-9,2 m/s.  Angin dominan bergerak ke arah barat laut dengan sudut sekitar 310-335ᵒ. Hal inilah yang menyebabkan bentukan spesifik gumuk pasir seperti barkhan dan lidah (ripple mark) membentang ke arah barat laut.